Nel 1155 Spoleto, "munitissima città, difesa da cento torri" fu, secondo la tradizione, distrutta da Federico Barbarossa e se le varie dominazioni subite da un lato portarono morte e distruzione, dall'altro hanno arricchito Spoleto di monumenti insigni. Contesa poi, tra l'Impero e la Chiesa, fu a questa aggregata da Innocenzo III nel 1198 e definitivamente nel 1247. Funestata da conflitti tra Guelfi e Ghibellini, fu riappacificata dal cardinale Egidio Albornoz, (che, nel 1359, diede inizio ai lavori di costruzione della splendida Rocca come sede dei governatori della città); fu assicurata alla Chiesa e fatta centro importante dello Stato Pontificio che le mandò autorevoli governatori, tra questi anche Lucrezia Borgia (1499). Dal Rinascimento in poi Spoleto si trasformò progressivamente da centro prevalentemente strategico a centro culturale, con la fondazione dell'Accademia degli Ottusi (oggi Accademia spoletina). Seguirono periodi di splendore e di decadenza. Durante l'occupazione francese, Spoleto fu capoluogo prima del Dipartimento del Clitunno e poi di quello del Trasimeno, non tanto in omaggio al retaggio storico dell'antica Caput Umbriae quanto, più pragmaticamente, per la sua prossimità ai territori montani confinanti con il Regno di Napoli, e perciò esposti alla penetrazione del brigantaggio, che consentiva un più agevole controllo territoriale. La Restaurazione (1814) ne fece una sede di Delegazione pontificia sino a che, il 17 settembre 1860, le truppe del generale Brignone, unirono Spoleto al nuovo Stato italiano.
 
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